Trensains ini digagas dan dipelopori oleh DR. (HC). Ir. KH. Salahuddin Wahid, Pengasuh Pesantren Tebuireng dan Agus Purwanto, D.Sc, dosen ITS alumni Universitas Hirosima Jepang.
Trensains merupakan lembaga pendidikan setingkat SMA yang sama sekali baru di Indonesia bahkan mungkin di dunia, karena pelajaran mayornya adalah mempelajari, mendiskusikan, melakukan penelitian, dengan tujuan mengkaji rahasia-rahasia yang terkandung dalam ayat-ayat kauniyah. Sementara ayat-ayat kauniyah di dalam al Qur’an tidak kurang dari 800 ayat yang menunggu untuk dipelajari dan dikaji rahasianya.
Untuk mewujudkan cita-cita dan harapan sebagaimana di atas, diperlukan kerja keras dan sinergi dari semua pihak yang memiliki kepedulian terhadap keagungan al Qur’an yang setiap waktu dan zaman diperlukan kajian secara mendalam agar seluruh perkembangan ilmu pengetahuan selalu dalam bingkai Nya, tidak melenceng dari arah dan garis yang telah ditugaskan seluruhnya di dalam al Qur’an.
Pondok pesantren klasik mengajarkan materi atau keilmuan seperti aqidah, fiqih, tasawwuf, tafsir, dan lain-lain. dalam jangka panjangnya pesantren diharapkan melahirkan ulama syariah. pesantren modern menggabungkan pengajaran pesantren klasik dan sekolah umum. pesantren ini diproyeksikan melahirkan sarjana muslim yang memiliki wawasan keislaman yang memadai.
SMA Trensains Tebuireng adalah satu-satunya unit pendidikan di Pesantren Tebuireng yang merupakan sintesis dari pesantren dengan sekolah umum bidang sains. SMA ini tidak menggabungkan materi pesantren dengan ilmu-ilmu umum sebagaimana pesantren modern, tetapi mengambil kekhususan pada pemahaman al Qur’an dan al Hadits, sains kealaman (natural science) dan interaksinya. poin terakhir interaksi antara agama dan sains merupakan materi khas SMA Trensains Tebuireng yang tidak ada di pesantren lain.
Konsep sintesis tersebut dikemas dengan sistem SKS (Sistem Kredit Semester), dimana sistem ini dapat memfasilitasi percepatan peserta didik (santri). penyelenggaraan SKS merupakan upaya inovatif untuk meningkatkan mutu pendidikan sekaligus uapya untuk membangun kembali peradaban islam.
