Setiap lembaga haruslah memiliki sebuah payung hukum untuk kebutuhan admintrasi yang mana hal itu didukung dengan sebuah yayasan. Adapun yayasan berasal dari bahasa Belanda yaitu stichting yang berasal dari kata stichen atau dalam bahasa Inggris berasal dari kata foundation yang mempunyai arti mendirikan atau membangun. Yayasan adalah suatu badan atau lembaga yang terorganisasi, bergerak pada berbagai bidang salah satunya yaitu pada bidang pendidikan yang diakui keberadaannya.
Agar mendapatkan pengakuan berjalannya kegiatan pendidikan di Pesantren Tebuireng, maka didirikanlah Yayasan Hasyim Asy’ari pada tahun 1984, yang pada awalnya memiliki nama Yayasan Kyai Haji Muhamad Hasyim. Yayasan Hasyim Asy’ari sendiri dibentuk pada masa KH. Yusuf Hasyim (Putra dari Hadratussyaikh KH. M. Hasyim Asy’ari) menjadi pengasuh Pesantren Tebuireng, setelah mengantikan KH. Kholiq Hasyim pengasuh ke-5 Pesantren Tebuireng. Dalam pendirian Yayasan Hasyim Asy’ari KH. Yusuf Hasyim, tidaklah seorang diri. Beliau dibantu oleh segenap keluarga besar dari Bani Hasyim, seperti KH. Abdurrahman Wahid dan Bu Nyai HJ. Khoiriyah Hasyim. Adapun dengan hadirnya Yayasan Hasyim Asy’ari ini diharapkan kelangsungan Pesantren Tebuireng dapat dipertanggung jawabkan bersama. Mayoritas pengurus yayasan berasal dari kerabat Bani Hayim. Yayasan inilah yang membawahi seluruh unit-unit pendidikan di Pesantren Tebuireng.
Sejak adanya Yayasan Hasyim Asy’ari berdidi, dilakukanlah pembagian tugas antara yayasan dan unit-unit pendidikan yang ada di Pesantren Tebuireng. Urusan prihal manajemen, administrasi, dan seluruhnya dipusatkan di kantor yayasan yng sudah on-line dengan bank penerma Sumbangan Pembinaan Pendidikan (SPP) yang dibayarkan para santri. Sedang kegiatan pendidikan formal sehari-sehari diserahkan kepada masing-masing unit madrasah dan sekolah. Adapun aktivitas keseharian di asrama santri, ditangani oleh Badan Pembina Santri (BPS). Hal ini dimaksudkan agar pengelolaan kegiatan pendidikan dan manajemen administrasi di lingkungan Pesantren Tebuireng dapat berjalan lancar dan sistematis.
Jika pada masa sebelumnya, seluruh unit pendidikan formal yang berada di dalam lingkungan pesantren, maka pada pertengahan dekade delapan puluhan, secara bertahap unit-unit madrasah dan sekolah dipindahkan ke luar lingkungan pesantren. Dimulai dengan pembangunan gedung SMA dan Aliyah, lalu disusul dengan gedung SMP dan Tsanawiyah. Setelah semua unit dipindahkan maka lingkungan pondok pesantren secara khsusus digunakan untuk asrama santri putra dan kegiatan-kegiatan pendidikan yang bersifat non-formal seperti pengajian kitab-kitab klasik.
Secara bertahap, berbagai sarana dan fasilitas penunjang berhasil diwujudkan terutama setelah terbentuknya Yayasan Hasyim Asy’ari. Di antara lainnya adalah koperasi yang semula hanya menangani pertokoan, pada 1989 dikembangkan menjadi koprasi, kemudian disusul dengan terbentunya jasa boga yang melayani kebutuhan makan santri secara massal. Ini merupakan hasil dari hadirnya Yayasan Hasyim Asy’ari yang berhasil memenajemen segala kegiatan-kegiatan di Pesantren Tebuireng.
